「CLANNAD」のゲームシステムは、オーソドックスなアドベンチャーゲームです。
ストーリーの随所に出てくる選択肢を選んでいくことにより、その後の展開が変化していきます。
定評のある早送り＆早戻し機能はもちろんのこと、より快適にお楽しみいただけるよう、以下のような多彩な機能を搭載しています。
・選択肢の表示位置変更機能（中央 or 下）
・既読の選択肢へのジャンプ機能
・バックログで選択したメッセージからの再開機能
・ロード地点からの巻き戻しも可能
・キャラクター別のボイス音量調節機能
・クイックセーブ＆クイックロード機能
・セーブデータ作成数　最大２００個
そのほか「CG MODE」「MUSIC MODE」などの鑑賞メニューも搭載しています。