「グリザイアの果実」の後日談。
美浜学園のヒロイン達の一日を描いたドタバタ劇。
みちるが中心となり、意識の高い活動をしようと、幸たちの協力のもと、新たな部活動を開発しようとすることに。
雄二不在の美浜学園に巻き起こる大騒ぎとは……！？

天涯孤独となり、国際テロリストに利用されていた幼い頃の風見雄二が、国の機関であるCIRS（サーズ）に所属するエージェント・日下部麻子に助け出され、彼女に育てられていた時期の物語。
「グリザイアの迷宮」の雄二過去編「カプリスの繭」の空白を繋ぐミッシングリンク！

風見雄二が先代である日下部麻子からナンバー９０２９を正式に引き継いで間もない頃。
雄二が麻子に代わり、国内および海外を飛び回りながら、数々の任務をこなしていた時代の物語。
本ストーリーオリジナルキャラクターの「マリオン」と「イザベラ」も活躍します！